Nel 10 agosto del 2010, il Sacro Impero di Britannia sottomise il Giappone, distruggendo il suo esercito e conquistando ogni territorio grazie alle loro potenti armi robot, i Knightmare Frames, in meno di un mese. Il Giappone perse la sua libertà e ogni diritto e fu rinominata Area 11; i popoli giapponesi persero, invece, il proprio nome e furono da allora chiamati "Elevens" obbligati a sopravvivere in alcuni ghetti, mentre i cittadini di Britannia vennero ad abitare nei quartieri di prima classe. I ribelli continuano a combattere aspramente in piccole fazioni contro l'Impero per l'indipendenza del Giappone.

Dopo che l'Imperatore di Britannia decise di non far niente per perseguitare i terroristi che uccisero la madre e resero cieca e paralizzata la sorella, e dopo essere stato esiliato ed utilizzato come merce di scambio diplomatico con il giappone, il giovane principe Lelouch Vi Britannia giuro' di distruggere l'Impero del padre.

Trascorsi sette anni, Lelouch si trova nell'Area 11 e durante uno scontro tra soldati britanni e terroristi giapponesi (così vengono definiti i partigiani giapponesi dalle autorità imperiali) incontra una misteriosa ragazza, chiamata C.C., che gli dona il potere del Geass, il potere di far eseguire senza obiezioni qualsiasi tipo di ordine. Con esso, egli ha finalmente i mezzi necessari per sconfiggere la Britannia e soddisfare i suoi due desideri: vendicare la madre e costruire un mondo dove la sua amata sorella possa vivere felice. Lelouch inizia il suo piano di distruzione prendendo in mano le sorti di un gruppo di terroristi che egli riesce a salvare da una sicura distruzione: ucciso il principe britanno Clovis, egli si crea una controparte mascherata, "Zero" (nome fittizzio per nascondere la sua identità di principe di Britannia) e si pone a capo dell'ordine dei cavalieri neri, un gruppo armato nato dal precedente gruppo terroristico, l'altro potere che gli permetterà di perseguire i suoi desideri. Attraveso vari scontri contro l'esercito britanno, Lelouche si troverà più volte a fronteggiare Kurugi Sazaku, suo amico d'infanzia diventato britanno onorario e pilota del knightmare chiamato Lancelot, ma nonostante ciò non lo costringe con il geass ad obbedirgli in quanto lo rispetta molto, sebbene cerchi più volte di convincerlo ad unirsi a lui. Seguono diverse puntate in cui l'ordine si scontrerà più volte con le truppe del governatore generale Cornelia, principessa imperiale e ottima combattente, e una breve parentesi di alcune puntate in cui compare Mao. Tolto di mezzo il Fronte di Liberazione Giapponese (ostacolo ai suoi piani) e radunati i superstiti nell'ordine dei cavalieri neri, Lelouche si trova a dover fronteggiare un elemento imprevisto: la principessa Euphemia dichiara la creazione di una zona ad amministrazione speciale, nella quale i giapponesi avrebbero ricevuto gli stessi diritti di un cittadino britanno. Zero, deciso a non abbandonare il suo desiderio di vendetta, non desidera la fine delle ostilità e pianifica di ordinare a Euphemia di sparagli di fronte ad una folla di spettatori per far fallire il progetto della principessa. Ma alla fine, persuaso dalle buone intenzioni di Euphemia, decide di cessare le ostilità, quando all'improvviso, mentre stava parlando con lei, il suo geass diventa permanente ed egli le dà involontariamente l'ordine "uccidi tutti i giapponesi". Scoppia un massacro nel quale le truppe britanne massacrano i civili giapponesi, e Lelouche decide di sfruttare l'opportunità: uccisa Euphemia, e avendo convinto i sopravvissuti a lottare, egli raduna forze a sufficienza per attaccare Tokio. Qui Lelouche riesce a sconfiggere Cornelia ma quando sta per catturarla C.C. lo avverte che sua sorella è stata rapita e per questo abbandona il campo di battaglia. A questo punto assistiamo a uno scontro finale tra Zero e Sazaku, che ha giurato vendetta per la sua amata Euphemia. Il finale però è omesso (viene mostrato nella seconda serie).

La linea di demarcazione tra il bene e il male non è così netta durante gli episodi. Innanzitutto il personaggio di Lelouch è controverso e cinico. Attento stratega e freddo calcolatore, utilizza qualsiasi mezzo possibile per ottenere la vittoria, e considera perfino i suoi stessi uomini come pezzi sacrificabili. Negli stessi titoli degli episodi viene definito come "il Dio malvagio". D'altronde l'obiettivo di Lelouch è quello di impadronirsi del mondo per distruggerlo e ricrearlo. L'altro personaggio chiave è Kurugi Suzaku, amico d'infanzia di Lelouch e figlio dell'ultimo primo ministro del Giappone. Suzaku persegue obiettivi simili a quelli di Lelouch ma spera di poter cambiare il mondo all'interno della Britannia, cosa per la quale si arruola nell'esercito britanno. Egli combatte per difendere l'impero dalla minaccia di Zero.

La storia di Lelouch, dei giapponesi e della Britannia si intrecciano con la storia di C.C. e V.V., esseri immortali capaci di donare il potere del Geass in cambio di un patto (le condizioni non sono mai state rivelate). La loro storia è un vero mistero che attraversa tutti gli episodi.

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Riferimenti all'episodio 19° attenzione!2e7f7d1e97660418a9aad98b9186a0ae'2e7f7d1e97660418a9aad98b9186a0ae