Giunge una lettera indirizzata ad "Agente NCIS" con l'impronta di un bacio lasciato da un rossetto. Tony, credendo che sia per lui la prende e la apre. Ne fuoriesce una polverina giallognola. Scatta subito il programma di protezione contro l'antrace. L'ufficio viene sigillato e tutti i presenti sottoposti a doccia, disinfestazione ed esami. Tony e Kate vengono portati all'ospedale militare: il primo perché ha aperto la busta, la seconda perché ha il raffreddore e quindi passibile di contagio. Esami negativi per tutti tranne pe Di Nozzo che ha contratto il virus della peste. Si tratta però di una forma geneticamente modificata, quindi i normali antibiotici non sono sufficienti a guarirlo. Tramite accertamenti sul rossetto della busta effettuati da Abbie, ed indagini al PC condotte da MacGee, si viene a scoprire che il possibile mandante dell'attentato è la presidentessa di una nota casa farmaceutica la cui figlia qualche anno prima era stata violentata; l'aggressore, un guardiamarina, fu scagionato dalle accuse dalla prova del DNA. La madre però non ha mai accettato questa versione. L'indagine a suo tempo era stata condotta da Patchy (l'agente ucciso dal doppio giochista Ari) e da una giovane agente alle prime armi che viene rintracciata e che aiuterà Gibbs ad arrestare la madre della ragazza violentata. La donna, però, è affetta da tumore al cervello e mentre l'agente la sta portando via, ha una crisi e viene portata in ospedale. Gibbs, intanto si era recato dal chimico (che lavorava nella ditta farmaceutica appartenente alla donna malata - una che da giovane era tutto love&peace, salviamo il mondo etc, etc) che aveva modificato il virus della peste, il quale afferma che non esiste antidoto - come invece aveva fatto intendere la donna - e che Tony avrebbe avuto la stessa percentuale di guarigione prospettata a chi si ammalava nel medioevo, il 15%. Inoltre il virus modificato sarebbe "morto" dopo 32 dal contagio. Ovviamente Tony guarisce, e Kate, che gli aveva fatto credere di essere stata contagiata a sua volta, gli rimane vicino.

Incomincia nel punto in cui si conclude l'episodio precedente. Tony, dopo una settimana, ritorna in ufficio, certo di essere mancato a tutti. Kate e MacGee si scambiano "cattiverie" riguardanti entrambi ed affermate da Tony, che quando appare viene praticamente ignorato dai due. Nel frattempo giunge la notizia di due omicidi. Si tratta di due marines (mi pare) che vengono uccisi da un finto agenete di polizia (che li ferma per eccesso di velocità e poi spara loro a bruciapelo e taglia via le mani ad uno di loro). Kate sta effettuando dei rilievi quando Tony l'avverte che c'è un serpente sui suoi piedi. Le fa credere che sia velenoso, ma l'inganno viene smascherato da un innocente MacGee che si appresta a controllare il bagagliaio dell'auto; Kate si arrabbia e da uno strattone a Tony il quale, cadendo, si accorge che sotto la macchina c'è una bomba. Fa allontanare MacGee e Kate che fanno appena in tempo a raggiugnere Gibbs e gli altri prima che l'auto esploda. Poco dopo giunge anche Tony, che ovviamente si è salvato. Qualcuno spia Gibbs con l'obiettivo di una macchina fotografica. All'NCIS giunge Fornel dell' FBI il quale dice a Gibbs che il caso non compete più loro. Ari è tornato e, al di là della sua momentanea collaborazione con l'FBI, potrebbe volerlo cercare per ucciderlo. Il capo dell'NCIS proibisce a Gibbs di indagare oltre e lo mette sotto scorta. Kate è la prescelta, faceva parte della guardia del presidente.Gibbs lascia l'ufficio e mentre si trova in citta, un motociclista lo controlla. E' Ari che lo invita a sedersi in un bar. Ari dice a Gibbs di aver messo una bomba da qualche parte nel bar, ma prima di andarsene sostiene di aver mentito. Gibbs, malfidente, controlla, la trova, la prende in mano, scappa dal bar e la getta in un cassonetto appena un'istante prima che la bomba esploda. Intanto si scopre che quanto pare i marines uccisi avevano accesso al prototipo di un progetto segreto per costruire un'aereo privo di pilota da utilizzare in varie missioni. Nel laboratorio dove si studia il prototipo pare non manchi nulla, tranne una sorta di obsoleto missile (razzo e comunque velivolo);a questo punto Gibbs sospetta che Ari non stia collaborando con l'FBi, quindi tornato in ufficio avverte Fornel dal quale si fa dare il numero per contattare Ari e così poterlo rintracciare. L'intenzione di Ari è quella di imbottire il velivolo di esplosivo e farlo esplodere tra la folla che attende al porto una nave che riporta in patria alcuni soldati dall'Iraq. Gibbs, Kate e Tony si apprestano a setacciare l'edificio localizzato con la telefonata al satellitare di Ari, MacGee intanto cerca di deviare il corso del velivolo tramite il PC. Dopo una scaramuccia di fuoco la terrazza dell'edificio sembra sicura, ma d'un tratto qualcuno spara in direzione di Gibbs e Kate gli fa scudo con il suo corpo. Si teme il peggio, ma per fortuna la ragazza indossa il giubbotto antiproiettile. Gibbs aiuta Kate ad alzarsi, ma mentre i tre stanno parlando tranquillamente, Ari, dal terrazzo di un'altro edificio esplode un colpo con un fucile di precisione colpendo Kate in testa. La ragazza cade morta con la testa trapassata da parte a parte. Intanto MacGee riesce a deviare il missile e a scongiurare il pericolo di una strage.

da quanto scrivi, sembra che dunque le dimissioni di Gibbs, ovviamente vengano respinte e che invece sarà sostituito il capo (quindi il superiore) di Gibbs alla guida dell'NCIS?